金子昌太郎生於西元1876年,原來就讀於京都帝國大學,但是因為對於農業有濃厚的興趣,希望能夠轉入以農學聞名的札幌農學校。雖然他的父親極力反對,但是他為了一圓自己的理想,不顧和父親失和,毅然從京都帝國大學退學,轉入札幌農學校就讀。
1903年畢業後即入東京府軍部門服兵役。1907年31歲時渡海前來台灣,擔任大目降糖業試驗場技師。大目降在1920年改名叫做新化街,即為現在的台南新化市。
金子昌太郎從1907年至1929年的20多年間,擔任大目降糖業試驗場技師,在新化奉獻20多年。在這期間他的足跡也踏遍世界各地,曾經負笈美國哈佛、耶魯等大學深造,也到巴西、瓜哇等地視察,尋覓適合台灣種植的甘蔗品種,並精心研發甘蔗栽培與品種改良的技術,對於台灣甘蔗品種的改良有莫大的
貢獻。
1912年他出版了甚受學界重視的「甘蔗農學」鉅著,內容記載大目降糖業試驗場,歷年從事甘蔗栽培試驗之成果及國外考察所得之相關資料,後來這本書也成為研究台灣甘蔗的權威著作。
直到1917年,台灣蔗糖的品質及產量不斷提升,不但可以供應日本,也開始外銷到美國等地。根據台灣糖業史的記載,台灣製糖業的發源地始於新化。
金子在新化服務期間,也努力發展地方的農業教育,除了斥資栽培人才之外,也推動地方公共事務。他最受新化人感激的就是記載在新化望族梁道紀念館的資料:「1915年礁吧哖事件發生,日本總督府擬了屠殺大目降壯丁的斬無赦惡令,當時擔任新化街長的梁道,趕緊出面要求金子昌太郎向總督府陳情,才化解了這場浩劫。」
他奉獻台灣製糖業25年的時光,終於育成優良的品種並致力於台灣糖業的普及,不僅推動台灣砂糖供應日本的需要,也外銷歐美諸國。因此也曾獲聘為台灣總督府中央研究所糖業科長。
1929年金子昌太郎因病辭職,並獲得總督府之褒揚。他即束裝暫時返回故鄉靜養。於身體復原之後,再度來台灣擔任明治製糖株式會社顧問。直到1936年才退休。1937年6月全家遷回日本,過著隱居耕讀的生活。
金子昌太郎於81歲時,以「台灣特有的季風看天田地域的甘蔗栽培試驗研究」,再附上1912年「甘蔗農學」著作,發表博士論文,獲頒農學博士學位,肯定了他在農學上的成就。
由於他一生鑽研甘蔗的品種改良,並推動蔗糖的生產,因此也被尊為「台灣甘蔗之父」。
金子昌太郎於1971年2月8日以94歲高齡在群馬縣前橋市自宅逝世。台灣農學界尊稱他為「台灣砂糖始祖」的稱譽。