在研究「臺灣學」的領域之中，不論是「文史學」或是「人類學」，幾乎都會出現伊能嘉矩的影子。因為他在滯台期間深入研究臺灣的過程及成果，至今仍是研究「臺灣學」的基本標竿。因此歷史學家楊雲萍教授也曾說，「研究臺灣都市」的任一曲巷小路，都有伊能嘉矩的蹤影。確實從日治時期、戰後乃至今日，伊能嘉矩當年的足跡，確實影響了研究臺灣領域的每一個角落。
伊能嘉矩，1867年生於書香之家，字朋卿、梅陰，號蕉鹿夢，書齋名「梅月堂」。幼時師事祖父習漢學；19歲遊學東京，入斯文黌及二松學舍，後被推薦進入岩平縣立師範學校。由於1889年2月11日憲法公布之日，發生了宿舍騷動事件，他被指為主謀人物而被退學。失學後即投身新聞界，擔任東京每日新聞助理編輯兼日本新聞編輯長，開啟了他的記者生涯。
1895年，日本領台施政五個月後，29歲的伊能嘉矩以臺灣總督府囑託身分來台，行前他發表一篇「我的赤誠之心，謹告知前輩諸君子」文章，宣示即將展開研究臺灣的志業。
伊能嘉矩抵台之後即參與組織「臺灣人類學會」；他抵臺灣不到兩個月，就發生了「六氏先生殉職事件」，有 6 位國語傳習所的教職員，遭受臺灣反日民眾殺害，當時伊能嘉矩正在學務部兼職，因此也參與了「六氏先生殉職事件」的調查，使他更深入對臺灣文史研究的鑽研。
1896年，伊能嘉矩開始在臺灣各地進行田野調查，首先調查宜蘭地區的平埔族；隔年3 月，他發現了圓山貝塚，開啟了臺灣考古人類學的研究計畫。伊能嘉矩仔細的研析清朝文獻之後，5 月起開啟全台原住民族部落的踏查計畫，首先進行為期半年的「蕃地」調查工作，並結合原有文獻資料，整理平埔族群的相關資料，首次整合臺灣原住民族提出「臺灣島蕃族」的概念。
1899年他將田野調查的紀錄整理後，出版了一本臺灣史通論大綱「臺灣在世界中的位置」，這是伊能嘉矩研究臺灣的系列著作中的第一本。
他在研究臺灣史的過程中，發現1626年到1642年間西班牙人佔據北臺灣的史料不多，因此特別向一位曾居住臺灣的西班牙傳教士請教；他也師事劉銘傳的部屬李少函研修清朝會典及律例等，以研究清領時期的臺灣史，由這些細節可以一窺伊能嘉矩研究臺灣史的認真細緻。

1900年他又將蕃地調查工作的成果報告整理成一部臺灣民族誌「臺灣蕃人事情」，這是臺灣最早的民族研究紀錄。在這本著作中，他首次將臺灣原住民族分為泰雅、阿美、布農、曹、魯凱、排灣、卑南、平埔等八族，其中平埔族又可細分為噶哈巫族、凱達格蘭等十個族群。至於賽夏族當時是被歸類在平埔族之中。上述百年前伊能嘉矩的分類方式，釐定了目前臺灣原住民族的譜系。
爾後他又陸續發表了很多論文，並出版了十餘部有關臺灣文史的著述，這些著作對於往後有關臺灣原住民風土的論文及臺灣史的編纂有很深的影響。
由上可知伊能對於臺灣漢人與原住民社會的歷史及民族誌記在1900年左右就已大致完成雛形，此後透過這些基礎在東京與臺灣發表了更多的論文。
在同年 10 月，「臺灣慣習研究會」成立，其編制設有委員33人，由當時的總督兒玉源太郎、民政長官後藤新平分別擔任正、副會頭；伊能嘉矩等人則擔任幹事，負責調查及整理的工作，後來即發行了「臺灣慣習記事」。
1905年，伊能嘉矩因祖父年邁體弱而返回日本，但是仍然繼續從事有關臺灣的研究工作。
伊能在1906年返回故鄉遠野之後，除了投入遠野鄉土史以及地方民俗的研究之外，也持續進行「臺灣全史」的撰寫計畫，並在自宅成立小型資料館「臺灣館」，作為研究臺灣學及儲存資料的場所。
1925年9月26日，伊能嘉矩病逝於家鄉，當時正值日本在台「始政三十週年」。而在他過世的前一年，他還擔任臺灣總督府「史料編纂委員會」委員。
遺憾的是他的「臺灣全史」鉅著未能趕在他生前出版。三年後在他的弟子板澤武雄與民俗學專家柳田國男的規劃之下，為他隆重出版了「臺灣文化志」全三冊，終於為伊能嘉矩留下了永遠的曠世巨作。
伊能嘉矩所留下的圖書、文稿等，後來都成為臺灣史料的初稿。其主要的著作包括：「臺灣蕃人事情」、「臺灣文化志」三卷、「臺灣志」二卷、「臺灣蕃政志」、「臺灣城志」、「臺灣行政區志」、「領台始末」、「臺灣巡撫トシテノ劉銘傳」、「傳說に顯はれたる日臺の連鎖」、「臺灣新年表」、「大日本地名辭書（臺灣之部）」、「理蕃志稿」等等。
伊能嘉矩所遺留下的臺灣原住民與漢人社會的民族史誌，往後仍然繼續影響臺灣史的研究。因此臺灣的文史學家均公認伊能嘉矩是最瞭解臺灣的日本學者，臺灣文史作家莊永明甚至讚譽伊能嘉矩為「正港臺灣人」。