在1895年日本領台之前，雖然有些日本人曾來台灣島考察，但是當時的台灣島尚未完全開發，仍屬瘴癘之地，因此瘧疾、阿米巴痢疾、傷寒、霍亂等傳染病到處充斥，又有很多散聚的原住民部落，因此清廷很難有效的管理，有關台灣的調查資料也很匱乏。
日本政府接管台灣之初，不少日本人對台灣的認知，仍然停留在生番獵人頭的蠻荒時代，導致人類學者缺乏前往台灣做研究調查的意願。後來總督府嚴格實施制度化的管理，並計畫積極調查台灣的人文及自然生態。因此總督府委託東京帝國大學理科教室，針對台灣的野生動物、植物、地質、人類等四大領域，進行田野調查。當時的東京帝大鳥居龍藏教授覺得有深入研究的必要，於是毅然接下此項調查的重任，也獲得很多新式的裝備儀器。
鳥居龍藏，1870年4月出生於德島市東船廠的富商之家，他自幼即有強烈的求知慾，因不適應校園的團體生活，故自小學到中學的課業都是在家自修，並且無師自通，完成國語、漢文、英語、生物、地理、歷史等學科。後來他進入東京帝大人類學教室擔任坪井教授的助理，並兼標本整理專員之後，即專心投入人類學的研究，他不但是一位卓越的世界人類學的先驅，也是民族學家、考古學家及民俗學家。從19世紀末到20世紀中葉，累積長期的歲月，足跡遍及台灣、東亞各地，留下了豐富的記錄。



他最早渡台調查是在1896年間，第一次是以五個月的時間前往台北圓山貝塚考察。然後搭船到花蓮，再經由陸路南下台東，沿途調查阿美族、卑南族、布農族的習俗文化，並詳實地紀錄了太魯閣泰雅族的語言、生活型態與習慣。這一次的田野調查工作，直到同年12月才告完成。
第二次調查是在1897年的10月間，總共為期三個月。此次考察的目的是針對居住於台灣東南海域「紅頭嶼（現稱蘭嶼）」之海洋民族「雅美族（達悟族）」的文化習俗考察。他在紅頭嶼上滯留70天的深入調查，針對「雅美族」的服飾、住家、傳統拼板舟和捕飛魚、水芋種植等等傳統生活作息，都詳盡的留下了珍貴的紀錄。
鳥居龍藏在台灣東岸進行考察之後，完成了台灣四個原住民族的分類作業。他將此調查報告呈報總督府，成為府藏第一手台灣原住民族的資料。
此後的五年間，他又數度來台深入山間展開田野調查，做了台灣有史以來首次的學術考察旅行。這段期間他蒐集了各種珍貴的史料，也完成了詳實的報告書與圖片記錄，才使很多台灣原住民的重要資料開始曝光。當時田野調查的紀錄都是採用素描方式，而鳥居教授則是以攝影作成圖片紀錄的第一人，因此他的圖片資料更為生動真實，這項成就肯定了他對台灣田野調查的貢獻。
第三次調查從1898年10月開始到12月，針對排灣族進行調查，主要調查區域是在台東知本溪以南一帶。當時他經由海路於車城上岸，再從恆春進入牡丹社，一路南下屏東的楓港、枋寮、丹路，途中收集了一些魯凱族的資料後，再由台東出海前往火燒島（綠島），完成調查旅程之後返回日本。
二年後的1900年，鳥居龍藏30歲的時候，他又開啟第四次的台灣考察之旅。這次由精通原住民語言的助手森丑之助陪同渡台，繼續長期的考察旅程。前後深入嘉義、南投等地蒐集排灣族和鄒族的資料，對此後台灣原住民文化的研究貢獻卓著。
鳥居龍藏不但是研究台灣原住民族的先驅。除了台灣之外，他也曾經多次前往沖繩、中國、滿洲、蒙古、朝鮮、西伯利亞、庫頁島等地做廣泛的田野調查，對東亞的人文習俗有深入的研究。
在台灣的原住民及考古學的學者之中，除了鳥居龍藏之外，尚有伊能嘉矩、鹿野忠雄、森丑之助、移川子之藏、宮本延人、馬淵東一、千千岩助太郎、小川尚義、淺井惠倫等人，都各有不同領域及專長的貢獻。