1894年中日甲午戰爭清國戰敗，清廷依照馬關條約割讓台灣，日本旋即派樺山資紀海軍大將擔任總督，並另派北白川宮能久親王率領近衛師團於5月29日在澳底登陸護駕，卻遭遇台灣島民的強烈抵抗，開啟為期數月的「乙未戰爭」。當日本近衛師團行經台灣西部各地時，北白川宮能久親王於途中感染瘧疾，不幸於10月28日病逝台南駐地，引起日軍對台灣防疫的重視。
根據1895年5月至12月間，日軍之傷亡統計資料所載，日軍部隊含軍夫約有76,000餘人，陣亡164人，負傷515人，病故4,642人，返日本就醫者21,748人，估計日軍因病死亡者是戰死者的四十倍，引起日本政府的關切。


台灣在清廷統治時期，並沒有西醫制度，直到1865年才有被譽為台灣西方醫學之父的蘇格蘭長老教會宣教士馬雅各(Dr.Maxwell)醫師父子來到台南看西街成立醫院（今新樓醫院）和禮拜堂，從事醫療及宣教的工作，對於南台灣的醫療影響甚大。此後又有很多醫療宣教士紛紛來到台灣，在台灣北部有通曉醫術的加拿大長老教會牧師馬偕(George Lesile Mackay)在淡水設立了馬偕醫館；中部有蘭大衛大夫的診療所及彰化、埔里基督教醫院；南部有嘉義、屏東、恆春基督教醫院；東部有花蓮門諾醫院、台東基督教醫院等。雖然基督長老教會在台灣各主要地區都廣設醫療設施，但是也都侷限於治標的醫療階段，缺乏包括醫學教育的完整系列制度規劃。
乙未戰爭後，日本正式統治台灣，發現台灣島民普遍缺乏「公共衛生」的觀念，因此總督府即規劃醫療、教育、農業的治台三大優先措施。在醫療方面設立總督府醫學校培養台灣的西醫人才，並建立現代化醫療設施；在教育方面普遍設立公學校，奠定六年制的基礎教育制度，並於全台各地設立師範學校，以培養師資人才，在農業方面則廣設農林學校，以改良台灣之農耕技術。


而台灣現代醫療制度的奠基者即為後藤新平，他曾經留學德國取得醫學博士學位，是有名的防疫專家。他於兒玉源太郎總督時期擔任改制後的首任民政長官。當時台灣流行很多傳染病，甚至曾經因鼠疫猖獗而死了4,500多人，他為杜絕傳染病的流行，積極建設上下水道等公共設施，奠定了台灣的公共衛生基礎。
台灣民間也有很多醫療相關的感人故事，最令人感動的就是1920年代來自蘇格蘭的蘭大衛(David Landsborough)，和其子蘭大弼兩代在彰化建立了彰化基督教醫院。蘭大衛除了致力於培養臺灣本土西醫之外，更傳播基督的愛。曾經有一位周姓少年因腿部潰瘍，無法再生皮膚，蘭大衛就將妻子連瑪玉(Miss Marjorie Learner)的腿皮移植給周姓少年，雖然因排斥而失敗，但是在施行自體植皮手術時的悉心照顧下也逐漸痊癒，這段切膚之愛的故事仍然傳頌至今。
在日治時期培養的菁英杜聰明博士一生從未行醫，專心致力於鴉片、嗎啡、蛇毒及醫學之研究，望眾杏林。眼科名醫陳五福醫師，特別關懷盲人，而遠離城市，進入宜蘭、羅東的鄉間行醫，贏得「台灣史懷哲」的稱譽。還有在中南部投身於肺病治療、山地病患照顧、及烏腳病防治的謝緯醫生、王金河醫生等，都不顧勞累，奔走各地的救助病患。另外還有很多基督徒醫療人員成立路加傳道會，進入台灣偏遠山地，或遠赴泰緬寮邊境山區、或深入非洲內陸各地，以基督的愛心醫治疾病，從事人道救援工作等等，都是台灣在西醫啟蒙時代之「醫人醫世」精神的延續，也是現代杏林的
典範。